در آزمون زیست‌شناسی پایه یازدهم، بین ۱۵ تا ۲۰ درصد از سؤالات مربوط به طراحی آزمایش، تجزیه و تحلیل داده‌ها و پیش‌بینی نتایج براساس اطلاعات ارائه شده در پرسش است که این بخش مربوط به سطح کاربست می‌باشد. همچنین ۱۵ تا ۲۰ درصد از نمره آزمون به سؤالات در سطح یادآوری اختصاص می‌یابد و باقی نمره به سؤالاتی با سطح مفهومی تعلق دارد.

طرح پرسش از بخش‌های «بیشتر بدانید»، واژه‌شناسی، پاورقی‌ها، پیوست‌های انتهای کتاب و رمزینه‌ها در تمامی آزمون‌ها مجاز نیست.

نمره‌دهی باید منطبق بر موضوع مطرح‌شده در سؤال صورت گیرد. به عنوان مثال، اگر سؤال درباره کار بخش خودمختار دستگاه عصبی است، پاسخ‌هایی مانند “تنظیم کار ماهیچه‌های صاف، ماهیچه قلبی و غده‌ها” کامل محسوب می‌شود. پاسخ‌هایی مانند “به‌ صورت ناآگاهانه” و یا “همیشه فعال است” در این سؤال نمره‌ای ندارند، زیرا به ویژگی‌های این تنظیم اشاره دارند. لازم است سؤالات به‌گونه‌ای تنظیم شوند که محدوده پاسخ مشخص باشد.

طرح سؤالاتی که پاسخ به آن‌ها به حفظ کردن قیدهایی مانند: «بعضی»، «بیشتر»، «کمتر»، «گاهی»، «بسیاری» بستگی داشته باشد، مجاز نیست.

طرح سؤال از جزئیات شکل‌ها، به‌جز مواردی که این جزئیات در متن کتاب تصریح شده باشد، مجاز نیست. به عنوان مثال، شکل ۲۰ فصل ۲ مسیر انتقال پیام عصبی را نشان می‌دهد، اما تعداد همایه (سیناپس)، محل آن‌ها، ماده سفید و خاکستری یا محل آن‌ها (داخل نخاع یا بیرون از آن)، جزو اهداف آموزشی نیست و در نتیجه طرح سؤال از این موارد ممنوع است.

طرح سؤال از شکل‌های مربوط به فعالیت‌های تشریح اندام‌ها ممنوع است. همچنین، برای واژه‌هایی که معادل فارسی آن‌ها در کتاب آمده است باید هر دو واژه (فارسی و غیرفارسی) نوشته شود. به طور مثال، همایه (سیناپس).

نمره مجزایی برای فعالیت‌ها در نظر گرفته نمی‌شود، اما بخشی از نمره هر فصل به فعالیت‌هایی اختصاص پیدا می‌کند که قابلیت طرح سؤال دارند و پاسخ آن‌ها در محدوده محتوای کتاب درسی موجود است.